Bij alle recente aandacht voor genomics moet er in Nederland ook ruimte zijn voor ecologische toepassingen, stelt prof dr ir Louise Vet. Onderzoek aan genen kan niet alleen kennis, maar ook nieuwe oplossingen aandragen.
Onlangs schreef Louise Vet een brief aan de Nederlandse Organisatie voor Wetenschappelijk Onderzoek NWO. Bij alle aandacht voor medische, landbouw- en biotechnologische toepassingen van genomics, komt het nut van dit vakgebied voor de ecologie er maar bekaaid af. Volgens Louise Vet, directeur van het Nederlands Instituut voor Oecologisch Onderzoek (NIOO), heeft eco- of environmental genomics een enorme potentie voor zowel fundamenteel als toegepast onderzoek.
De ecologen maken al deel uit van een strategisch samenwerkingsverband voor de ontwikkeling van genomicstechnieken. Daaraan doen ook de universiteiten van Utrecht en Wageningen mee, alsmede het Hubrecht Laboratorium. Ecologen kunnen met moleculair-biologische technieken nagaan wat het effect van omgevingsfactoren is op de expressie van genen. Bovendien zijn ze zeer geïnteresseerd in de relatie tussen genotype (de erfelijke aanleg) en fenotype (het uiterlijk). Met DNA-technieken zoals de micro-array (DNA-chip) en moderne scheidingsmethoden kan blijken welke genen onder welke omstandigheden worden aangeschakeld en welke eiwitten ze maken.
Een volgende stap is het nagaan van het effect van adaptatie op het niveau van populaties en ecosystemen. Een soort kan bij dit onderzoek als het ware op laboratoriumschaal evolueren. Ecologen zouden daarop voorspellingen kunnen doen over de ontwikkeling van relaties tussen diverse soorten in een ecosysteem.
Vet noemt diverse interessante praktische aspecten van de ecogenomics. Of planten en organismen bepaalde genen aan- of uitschakelen, kan een indicatie zijn voor milieuverontreiniging. Anderzijds kan de ontdekking van actieve genen in een vervuild milieu een opstap zijn naar de isolatie van enzymen die verontreinigingen afbreken.
Derde poot
In andere landen is inmiddels al veel aandacht voor de eco-genomics. In Groot-Brittanië reserveerde een nationale onderzoeksraad voor de komende vier jaar veertig miljoen gulden voor dit onderzoek. In Duitsland draait een project waarin drie bacteriën die biopolymeren afbreken centraal staan. De bacteriën vormen bij die afbraak koolstofdioxide. Twee daarvan zijn sulfaatreducerende bacteriën, uit respectievelijk de bodem van de Middellandse Zee en de zeebodem nabij Spitsbergen. Opheldering van de genenvolgorde moet duidelijk maken hoe de stofwisseling functioneert en hoe die afhangt van temperatuur, zoutgehalte en voedingsaanbod.
Volgens Louise Vet zijn er al met al voldoende redenen om extra aandacht aan eco-genomics te besteden. Het levert weliswaar niet direct specifieke medicijnen of functional foods op, maar draagt wel bij aan de kwaliteit van de leefomgeving. Ze heeft NWO een lijst met internationale experts aangeboden. Die experts kunnen voor NWO onderzoeksvoorstellen voor eco-genomisch onderzoek tegen het licht houden en beoordelen op kwaliteit. Eco- of environmental genomics moet een derde poot van het genoomonderzoek in Nederland zijn, naast de biomedische en de biotechnologische genomics.
